二年半の間、やがては自分のものにするため、サスケに修行を課していた。
サソリを始末するため、カブトに続いて天地橋に現れたがすでにサソリは死亡しており、ナルトと交戦。 九尾の力を暴走させたナルトを余裕であしらった。
ナルトが角都を倒したのと同時期には転生術や人体改造の副作用か自らの肉体は限界に迫っていたところを、 サスケの襲撃を受け、幻幽丸の肉体を捨てて白い大蛇の正体を現し、サスケを取り込もうとするが、逆に瞳術によってサスケに 取り込まれてしまう。
完全に死亡したものと思われていたが・・・?
元は暁のサソリが大蛇丸に仕向けたスパイだったことが判明。
サソリの術で失っていた記憶を取り戻し、サソリに大蛇丸の情報を伝えるため天地橋へ向かったと思われたが、 実はサソリがかけた術はすでに大蛇丸に解かれて寝返っており、天地橋でサソリを殺そうとする。 だが、当人はすでに死亡しており、そのサソリはヤマトが変化したものだったためその場は混乱。
ナルトが角都を倒したのと同時期に大蛇丸を診察中、薬を取りに部屋を離れた間に大蛇丸はサスケに乗っ取られ、直後に サスケによってそれを知らされる。 その後消息を絶つが、イタチを捜索中のナルト、ヤマト、ヒナタの前に、大蛇丸の肉体の一部を自分の身体に移植した状態で現れる。
すでに自分の身体の三分の一を侵している大蛇丸の力を超えようとしていることを告げ、暁の情報の入った書類をナルト達に渡して再び姿を消す。
大蛇丸の元での2年半の修業で、兄を殺すという目的だけのため、さらなる力を身につけた。
写輪眼の眼光は、感情のないはずのサイをもおびえさせるほど。
そして遂にかつての友であるナルト、サクラと再会。さらに強力になった千鳥と草薙の剣を使った圧倒的な力でナルトたちをねじふせた。
ナルトが角都を倒したのと同時期、自分の力が大蛇丸を超えたと確信し、大蛇丸を襲撃。大蛇丸の作り出した異空間で 取り込まれかかるも逆に大蛇丸を取り込んでしまう。
その後、実験施設の試験管に囚われていた水月、さらに各地のアジトで香燐、重吾を仲間にし、 イタチを狙って捜索しているところを、デイダラ、トビの襲撃を受けて交戦。